Το εργαστήριο υδρομετεωρολογίας του Τομέα Εσωτερικών Υδάτων του ΕΛΚΕΘΕ διεξάγει έρευνα σε θέματα διαχείρισης υδάτων, υδρομορφολογίας, φυσικών καταστροφών που σχετίζονται με τα ύδατα και πρόγνωσης υδρομετεωρολογικών φαινομένων. Έχει αναπτύξει και λειτουργεί υποδομή παρακολούθησης ποιότητας και ποσότητας υδάτων μέσω αυτόματων σταθμών, αισθητήρων και τεχνολογιών ΙοΤ. Τα δεδομένα του δικτύου σταθμών παρακολούθησης είναι ανοικτά και διαθέσιμα προς κάθε ενδιαφερόμενο, (https://hydro-stations.hcmr.gr/), σε σχεδόν πραγματικό χρόνο και μπορούν να συμβάλλουν σημαντικά στον μετριασμό των επιπτώσεων από φυσικές και ανθρωπογενείς καταστροφές (πλημμύρες, ξηρασία και ρύπανση υδάτων). Επιπρόσθετα το εργαστήριο έχει αναπτύξει και προγνωστικά υδρομετεωρολογικά μοντέλα (http://meteo.hcmr.gr/) που μπορούν να συνδυαστούν με το δίκτυο των αυτόματων σταθμών και να παρέχουν εγκαίρη και ακριβή πληροφόρηση σχετικά με ακραία υδρομετεωρολογικά φαινόμενα.