Το Εργαστήριο Νηματωδολογίας έχει αντικείμενο την διάγνωση φυτοπαρασιτικών νηματωδών και την μελέτη της βιολογίας και ολοκληρωμένης καταπολέμησης τους σε καλλιεργούμενα φυτά. Στις περιπτώσεις που κρίνεται αναγκαία η ταυτοποίηση των νηματωδών σε είδος με την εφαρμογή μοριακών/βιοχημικών μεθόδων, γίνεται από συνεργαζόμενα ινστιτούτα στο εξωτερικό. Επιπλέον σε συνεργασία με άλλα εργαστήρια, μελετάται η επίδραση της προσβολής των νηματωδών στην φυσιολογία των φυτών καθώς και η αλληλεπίδραση τους με άλλα φυτοπαθογόνα.